Quelques semaines après les événements relatés dans « Avatar 2 - La voie de l'eau »... Jake Sully et sa famille vivent toujours parmi les Metkayina, à proximité d'un magnifique récif de corail de la planète Pandora. Ils doivent apprendre à surmonter la perte de Neteyam, tué au cours d'un violent affrontement avec le « Peuple du ciel » de la RDA (Resources Development Administration). Jake, Neytiri, Lo'ak, Tuk, Spider et Kiri sont confrontés, chacun à leur manière, à une forme de deuil.